Les différentes facettes de l’ARN : les opportunités ouvertes par le séquençage direct par nanopore

Résumé :

Le séquençage direct de l’ARN (Direct RNA Sequencing, DRS) par nanopore (Oxford Nanopore Technologies) est une technologie qui lit les molécules d’ARN telles qu’elles existent dans la cellule, sans jamais les copier. Cette absence d’amplification change la donne à plusieurs titres : elle évite les biais d’estimation de l’abondance des ARN inhérents à toute étape de PCR, et surtout elle préserve les modifications chimiques qui décorent nativement les molécules — des marques aujourd’hui reconnues comme un véritable langage réactionnel. Autre atout, les lectures produites (des « long-reads ») couvrent la molécule dans son intégralité, ce qui permet d’assigner directement chaque lecture à un isoforme, plutôt que de devoir les reconstruire a posteriori à partir de données au niveau du gène. Cerise sur le gâteau, le DRS donne aussi accès à la longueur de la queue poly(A), dont un nombre croissant d’études souligne le rôle déterminant dans la stabilité et la traduction des ARN.

_

Contact : lucie.lamothe@univ-grenoble-alpes.fr