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SUMMARY:Soutenance de Thèse par Pierre GUENZI-TIBERI (CEA-Irig/LPCV)
DESCRIPTION:Génomique des algues des neiges : du génome à la cellule et aux populations\nRésumé : \nLa neige est peuplée d’organismes unicellulaires dont très peu d’espèces ont été décrites\, et aucun génome caractérisé. Au dessus de la limite de l’habitat des arbres\, les formes pionnières sont des microalgues photosynthétiques\, dont certaines peuvent devenir dominantes\, accumulant des caroténoïdes et colorant la neige en rouge. Dans le cadre du programme Alpalga​ des collectes effectuées par les laboratoires proposant ce projet\, dans la Zone Atelier Alpes réalisées de 2017 à 2022 ont permis d’isoler des espèces différentes : 4 génomes d’algues cultivables ont été séquencés\, 1 génome d’algue non cultivable est en cours de séquençage à partir de données métagénomiques et 1 champignon unicellulaire des neiges est aussi en cours de séquençage. Le projet de thèse vise donc la première caractérisation génomique de microorganismes eucaryotes peuplant la neige\, aux niveaux moléculaires\, cellulaires (génomique fonctionnelle)\, et des des populations afin de déchiffrer les mécanismes génomiques et éco-physiologiques permettant de ‘vivre dans la neige’. \nLe projet reposera sur une expertise importante de l’étudiant.e en bioinformatique/analyse de génomes (annotation\, comparaison de génomes\, métagénomique)\, nécessitant un accès à des données de génomique originales en grande partie déjà disponibles. Le projet combine donc une part à faible risque\, voire sans risque\, d’annotation et de génomique comparative. Pour le deuxième volet\, le risque sera maitrisé en se focalisant sur un nombre raisonnable d’espèces\, caractéristiques des environnements explorés.​ \n  \n\n\nTitle : Snow algae genomics: from genomes to cells and populations \nAbstract​​ : \nSnow is populated by unicellular organisms of which very few species have been described\, and no genome characterized. Above the tree line\, the pioneer forms are photosynthetic microalgae\, some of which can become dominant\, accumulating carotenoids and coloring the snow red. As part of the Alpalga program collections carried out by the laboratories proposing this project\, in the Zone Atelier Alpes carried out from 2017 to 2022\, made it possible to isolate different species: 4 genomes of culturable algae have been sequenced\, 1 non-culturable algal genome is being sequenced from metagenomic data and 1 unicellular snow fungus is also being sequenced. The thesis project therefore aims for the first genomic characterization of eukaryotic microorganisms populating the snow\, at the molecular\, cellular (functional genomics)\, and population levels in order to decipher the genomic and eco-physiological mechanisms allowing ‘living in the snow’.\nThe project will be based on the student’s significant expertise in bioinformatics/genome analysis (annotation\, genome comparison\, metagenomics)\, requiring access to original genomic data that is largely already available. The project therefore combines a low-risk\, or even no-risk\, part of annotation and comparative genomics. For the second part\, the risk will be controlled by focusing on a reasonable number of species\, characteristic of the environments explored.\n_ \n\n\n\n\n\nATTENTION ! L’entrée d​u site CEA-Grenoble nécessite une autorisation préalable et sur présentation de votre pièce d’identité le jour de votre venue (CI ou passeport\, car le permis de conduire n’est pas recevable). Veuillez impérat​ivement nous contacter par mail avant le 19​ septembre : envoyer un mail \nNote : Entry to the CEA-Grenoble site requires prior authorization and the presentation of your ID on the day of your visit (ID card or passport; driver’s licenses are not accepted). Please request this authorization before September 19th to send an e-mail​
URL:https://sfp-alpes.fr/event/soutenance-de-these-par-pierre-guenzi-tiberi-cea-irig-lpcv/
LOCATION:CEA Grenoble – Amphi Dautreppe\, 17\, avenue des Martyrs\, Grenoble\, 38000\, France
CATEGORIES:Soutenance,Soutenance de Thèse
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SUMMARY:Toyoyuki OSE (Hokkaido University\, Japon​)
DESCRIPTION:Viral strategies for immune evasion targeting the JAK-STAT pathway\nRésumé : \n\nThe capacity of viruses to target and inhibit immune signaling by the principal antiviral cytokines\, interferons (IFNs)\, is critical to the outcomes of infection and disease\, and is mediated by viral IFN-antagonist proteins. We have been working on viral IFN-antagonists from the order Mononegavirales such as genus Lyssavirus (e.g.\, rabies virus) and Morbillivirus (e.g.\, measles virus) that counteract the JAK-STAT system. STAT family members mediate signaling in the JAK–STAT pathway and are activated by phosphorylation at a conserved tyrosine residue\, resulting in dimerization through reciprocal interactions between the phosphotyrosine and a SH2 domain.\nTyrosine-phosphorylated STAT (pY-STAT) then translocates to the nucleus to induce the expression of genes encoding antiviral proteins. Although the active and functional forms of STATs are conventionally considered to be dimers\, STATs can undergo higher-order oligomerization\, which is implicated in regulating transcriptional activity. \nWe presented the cryo-EM structures of the tetrameric form of intact pY-STAT1 in complex with DNA or the P protein of rabies viruses [1\,2]. We explained the molecular architecture of the interactions by which P protein selectively antagonizes phosphorylated\, activated STAT1. This novel binding mode explains previously undefined mechanisms by which P protein inhibits importin binding\, DNA binding\, and the conformational transition of activated STAT1 into its DNA-binding form\, thus efficiently shutting down antiviral signaling. We also clarified that the C-terminal domain of the V protein from measles virus selectively binds to the core-region of STAT2 but not STAT13. We were able to monitor that binding of V and IRF9 to STAT2-core is competitive ; V disrupts a preformed STAT2–IRF9 interaction\, suggesting a new mechanism by which V can prevent type I IFN signaling by preventing STAT1–STAT2–IRF9 (the ISGF3 complex) formation [3\,4]. Taken together\, our findings substantially advance molecular understanding of viral evasion of antiviral immunity\, with high resolution molecular insights having the potential to inform novel intervention strategies for a lethal viral disease. \n1. Rabies virus antagonizes interferon signaling by targeting phosphorylated STAT1 tetramers. bioRxiv 2026.07.29.741124 (2026) doi:10.64898/2026.07.29.741124.\n2. Structural analysis reveals how tetrameric tyrosine-phosphorylated STAT1 is targeted by the rabies virus P-protein. Sci. Signal. 18\, eads2210 (2025).\n3. The Measles Virus V Protein Binding Site to STAT2 Overlaps That of IRF9. J. Virol. 94\, e01169-20 (2020).\n4. Solution structure of the C-terminal domain of the measles virus V protein in its free form and mechanistic analysis of STAT2 targeting. J. Virol. 99\, e00739-25 (2025).​ \n_\n\n\n\n\nLes séminaires et soutenances sont ouverts à tous\, notez toutefois que l’accès au campus EPN nécessite un avis de rendez-vous. Merci de remplir ce formulaire  et de l’adresser\, plus de 48h à l’avance\, à ce contact.\nPensez à vous munir d’une pièce d’identité le jour de votre visite.
URL:https://sfp-alpes.fr/event/toyoyuki-ose-hokkaido-university-japon/
LOCATION:IBS – Salle des séminaires\, IBS 71 avenue des Martyrs\, Grenoble\, 38042\, France
CATEGORIES:Séminaire
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SUMMARY:ATTENTION !!! Changement de salle !!! - Soutenance de Thèse par Chalimar SALAMEH (CEA-Irig/SyMMES)
DESCRIPTION:Développement de biocapteurs interférométriques multiplexés sur fibres optiques pour le diagnostic moléculaire in vivo\nRésumé : \nLe diagnostic médical est un processus complexe et itératif\, souvent dépendant de biopsies invasives qui comportent des risques de complications et des délais dans l’obtention des résultats. Pour passer de biopsies ex situ à des biopsies in situ\, ce projet s’appuie sur la technologie de laboratoire sur fibre afin de développer une plateforme de diagnostic peu invasive. Le dispositif proposé consiste en une fibre optique flexible à 12 cœurs recouverte de deux couches minces : une couche semi-réfléchissante de Ta2O5 et une cavité optique en SiO2. Ces couches transforment la fibre en un capteur interférométrique. En immobilisant une couche biologique de biosondes sur la surface\, le dispositif est converti en un biocapteur capable d’interagir avec les analytes cibles dans l’environnement étudié. \nLa réponse optique du dispositif a été modélisée en utilisant la Méthode des Matrices de Transfert sous Python. Les variations de l’indice de réfraction du milieu environnant modifient l’intensité globale de la réflectivité en fonction de la longueur d’onde\, définissant la sensibilité en volume près du bout de la fibre. À l’inverse\, la sensibilité en surface est évaluée par l’ajout d’une biocouche et l’augmentation de son épaisseur\, ce qui simule la liaison d’analytes. Cet accroissement du chemin optique induit un décalage mesurable du spectre de réflectivité. Le modèle numérique démontre la capacité du biocapteur à découpler les sensibilités en volume et en surface en ajustant simplement la longueur d’onde de travail. \nAfin de caractériser la sensibilité et la résolution du capteur\, un montage optique basé sur un éclairage de Köhler en mode réflexion a été conçu. Un filtre angulaire supprime la réflexion spéculaire sur la face avant de la fibre\, permettant une interrogation en intensité à des longueurs d’onde discrètes dans le spectre visible. La validation expérimentale utilisant différentes concentrations de glycérol a montré un fort accord avec les simulations numériques : les courbes et les signes de sensibilité de volume se correspondent pour différentes combinaisons de couches interférométriques. La sensibilité la plus élevée atteinte se situe autour de 800%/RIU\, avec une résolution de l’ordre de 10-4 RIU. \nDe plus\, la sensibilité en surface\, évaluée au moyen d’une technique de dépôt de polyélectrolytes couche par couche et en considérant une épaisseur de bicouche hydratée entre 5 et 10 nm\, a été comprise entre 0\,13 et 9\,05 %/nm selon l’échantillon et le cœur. En s’appuyant sur ces résultats\, diverses stratégies de fonctionnalisation ont été développées pour convertir le capteur physique en biocapteur\, allant de modifications homogènes à des modifications localisées. Pour ces dernières\, un montage optique UV a été construit pour balayer et illuminer des régions d’intérêt spécifiques sur la surface de la fibre. En utilisant un agent de liaison photosensible\, la NHS-diazirine\, l’immobilisation et l’hybridation localisées d’oligonucléotides ont été réalisées avec succès sur de multiples substrats : lames de verre\, conduits d’image\, assemblages de fibres à 6000 cœurs et la fibre optique à 12 cœurs. Ces résultats ont été validés soit par imagerie de fluorescence\, soit par un suivi en temps réel des interactions biomoléculaires en solution tampon\, via la mesure de l’intensité lumineuse moyenne retro-réfléchie par les cœurs de la fibre. En particulier\, l’hybridation des oligonucléotides a entraîné une augmentation de 0.75 à 1% du signal normalisé\, suivie d’une amplification de 2.5% lors de l’injection de streptavidine. Toutes ces avancées ouvrent la voie à des diagnostics in vivo multiplexés.​​​​​ \n_ \nATTENTION ! L’entrée du site CEA-Grenoble nécessite une autorisation préalable et sur présentation de votre pièce d’identité le jour de votre venue (CI ou passeport\, car le permis de conduire n’est pas recevable). Veuillez impérat​ivement nous contacter par mail avant le 14 septembre : envoyer un mail \n\n\nNote : Entry to the CEA-Grenoble site requires prior authorization and the presentation of your ID on the day of your visit (ID card or passport; driver’s licenses are not accepted). Please request this authorization before September 14th to send an e-mail​
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LOCATION:CEA-Grenoble\, Bâtiment YSpot\, Plateau de la création (Rdc)\, 17\, avenue des Martyrs\, Grenoble\, 38000\, France
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