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SUMMARY:ATTENTION !!! Changement de salle !!! - Soutenance de Thèse par Chalimar SALAMEH (CEA-Irig/SyMMES)
DESCRIPTION:Développement de biocapteurs interférométriques multiplexés sur fibres optiques pour le diagnostic moléculaire in vivo\nRésumé : \nLe diagnostic médical est un processus complexe et itératif\, souvent dépendant de biopsies invasives qui comportent des risques de complications et des délais dans l’obtention des résultats. Pour passer de biopsies ex situ à des biopsies in situ\, ce projet s’appuie sur la technologie de laboratoire sur fibre afin de développer une plateforme de diagnostic peu invasive. Le dispositif proposé consiste en une fibre optique flexible à 12 cœurs recouverte de deux couches minces : une couche semi-réfléchissante de Ta2O5 et une cavité optique en SiO2. Ces couches transforment la fibre en un capteur interférométrique. En immobilisant une couche biologique de biosondes sur la surface\, le dispositif est converti en un biocapteur capable d’interagir avec les analytes cibles dans l’environnement étudié. \nLa réponse optique du dispositif a été modélisée en utilisant la Méthode des Matrices de Transfert sous Python. Les variations de l’indice de réfraction du milieu environnant modifient l’intensité globale de la réflectivité en fonction de la longueur d’onde\, définissant la sensibilité en volume près du bout de la fibre. À l’inverse\, la sensibilité en surface est évaluée par l’ajout d’une biocouche et l’augmentation de son épaisseur\, ce qui simule la liaison d’analytes. Cet accroissement du chemin optique induit un décalage mesurable du spectre de réflectivité. Le modèle numérique démontre la capacité du biocapteur à découpler les sensibilités en volume et en surface en ajustant simplement la longueur d’onde de travail. \nAfin de caractériser la sensibilité et la résolution du capteur\, un montage optique basé sur un éclairage de Köhler en mode réflexion a été conçu. Un filtre angulaire supprime la réflexion spéculaire sur la face avant de la fibre\, permettant une interrogation en intensité à des longueurs d’onde discrètes dans le spectre visible. La validation expérimentale utilisant différentes concentrations de glycérol a montré un fort accord avec les simulations numériques : les courbes et les signes de sensibilité de volume se correspondent pour différentes combinaisons de couches interférométriques. La sensibilité la plus élevée atteinte se situe autour de 800%/RIU\, avec une résolution de l’ordre de 10-4 RIU. \nDe plus\, la sensibilité en surface\, évaluée au moyen d’une technique de dépôt de polyélectrolytes couche par couche et en considérant une épaisseur de bicouche hydratée entre 5 et 10 nm\, a été comprise entre 0\,13 et 9\,05 %/nm selon l’échantillon et le cœur. En s’appuyant sur ces résultats\, diverses stratégies de fonctionnalisation ont été développées pour convertir le capteur physique en biocapteur\, allant de modifications homogènes à des modifications localisées. Pour ces dernières\, un montage optique UV a été construit pour balayer et illuminer des régions d’intérêt spécifiques sur la surface de la fibre. En utilisant un agent de liaison photosensible\, la NHS-diazirine\, l’immobilisation et l’hybridation localisées d’oligonucléotides ont été réalisées avec succès sur de multiples substrats : lames de verre\, conduits d’image\, assemblages de fibres à 6000 cœurs et la fibre optique à 12 cœurs. Ces résultats ont été validés soit par imagerie de fluorescence\, soit par un suivi en temps réel des interactions biomoléculaires en solution tampon\, via la mesure de l’intensité lumineuse moyenne retro-réfléchie par les cœurs de la fibre. En particulier\, l’hybridation des oligonucléotides a entraîné une augmentation de 0.75 à 1% du signal normalisé\, suivie d’une amplification de 2.5% lors de l’injection de streptavidine. Toutes ces avancées ouvrent la voie à des diagnostics in vivo multiplexés.​​​​​ \n_ \nATTENTION ! L’entrée du site CEA-Grenoble nécessite une autorisation préalable et sur présentation de votre pièce d’identité le jour de votre venue (CI ou passeport\, car le permis de conduire n’est pas recevable). Veuillez impérat​ivement nous contacter par mail avant le 14 septembre : envoyer un mail \n\n\nNote : Entry to the CEA-Grenoble site requires prior authorization and the presentation of your ID on the day of your visit (ID card or passport; driver’s licenses are not accepted). Please request this authorization before September 14th to send an e-mail​
URL:https://sfp-alpes.fr/event/soutenance-de-these-par-chalimar-salameh-cea-irig-symmes/
LOCATION:CEA-Grenoble\, Bâtiment YSpot\, Plateau de la création (Rdc)\, 17\, avenue des Martyrs\, Grenoble\, 38000\, France
CATEGORIES:Soutenance,Soutenance de Thèse
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SUMMARY:Isabelle EISENMANN (University of Amsterdam\, the Netherlands)
DESCRIPTION:Odd collective phenomena in light-driven microalgae\nRésumé : \nFor motile microalgae\, light is both a source of energy and a cue to orient in space. Their response to light can teach us about internal mechanisms\, such as photosynthesis and photoprotection. On the other hand\, physicists see them as active particles controllable by light\, and use them to explore new active matter phenomena. \nIn the first part of this talk\, I will briefly describe several collective phenomena that emerge in suspensions of swimming microalgae – mediated by shading\, hydrodynamic or chemical interactions\, and discuss the biological insights they can provide. \nI will then describe recent results on odd active matter\, using a novel experimental system of spinning microalgae. The cells self-assemble into a percolating chiral fluid as their density increases. Strikingly\, microscopic and macroscopic vorticity have opposite signs: while individual cells spin clockwise\, clusters orbit counterclockwise. Combining experiments and theory\, we show that this chirality inversion is a direct consequence of the particles’ active (i.e. internally driven) nature. We then investigate odd transport on this percolating network. These experiments show how a living chiral fluid can behave fundamentally differently from an externally driven one. \n_ \nContact : salima.rafai@univ-grenoble-alpes.fr
URL:https://sfp-alpes.fr/event/isabelle-eisenmann-university-of-amsterdam-the-netherlands/
LOCATION:LiPhy – Salle de conférence\, LiPhy 140 avenue de la Physique\, St Martin d'Hères\, 38402\, France
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SUMMARY:Ru-Juan LIU (ShanghaiTech University\, China)
DESCRIPTION:Beyond M6A : TRNA modifications from mechanism to therapeutic engineering\nRésumé : \nRNA modifications are essential regulators of RNA structure and function\, yet much of our mechanistic understanding of tRNA modifications has historically come from studies in bacteria and yeast. How these modifications are precisely installed\, dynamically regulated\, and functionally diversified in higher eukaryotes remains much less understood. By combining RNA mass spectrometry\, high-throughput tRNA sequencing\, and other approaches\, our laboratory has systematically investigated tRNA modifications in mammalian cells. We have identified multiple previously uncharacterized tRNA-modifying and demodification enzymes\, uncovered dynamic regulation and crosstalk among tRNA modifications\, and revealed unexpected functional diversification of RNA-modifying enzymes during evolution\, including expansion of their substrate repertoires from tRNAs to mRNAs and acquisition of non-catalytic functions. Using the m5C methyltransferases NSUN2 and NSUN6 as examples\, I will discuss how these enzymes recognize distinct tRNA and mRNA substrates and how substrate specificity shapes their biological functions. Finally\, I will highlight how these mechanistic insights can be exploited to engineer therapeutic tRNAs and mRNAs with improved properties. \n_ \nContact : appaixfl@univ-grenoble-alpes.fr
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LOCATION:IAB – Salle de séminaire\, IAB Site Santé - Allée des Alpes\, La Tronche\, 38700\, France
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SUMMARY:Natali PLANK (School of Chemical and Physical Sciences and the MacDiarmid Institute for Advanced Materials and Nanotechnology\, Victoria University of Wellington\, New Zealand)
DESCRIPTION:Nanowire and carbon nanotube device structures for Biosensors and Artificial Neural Networks\nRésumé : \nCarbon nanotube (CNT) networks offer a particularly attractive platform due to their simple fabrication\, tunable electronic properties\, and ability to be interrogated through multiple electrical contacts on a single chip [1]. Functionalised carbon nanotube and graphene field effect transistors (CNTFETs and GFETs) have been used as the active channel in biosensors\, with the future promise of lab-on-a-chip diagnostics strongly motivating the research [2]. The ability to effectively sense analytes depends on multiple factors\, the conductivity of the platform [3]\, the robustness of the functionalisation and the selectivity and function of the receptor [4]. \nCarbon nanotubes also offer an interesting base platform for neuromorphic computing via physical reservoirs. Physical reservoir computing exploits the intrinsic dynamics of complex materials to perform temporal information processing with low power consumption and minimal training requirements. Disordered networks of memristive nanowires have emerged as promising neuromorphic architectures\, as they can host large numbers of nonlinear junctions that collectively generate rich spatiotemporal dynamics [5-7]. \nHere I will present our recent work on the development of the CNTFET and GFET platforms with aptamers and insect odorant receptors and the different challenges and device constraints we have encountered. I will also present our work on the development of the CNT platform for physical reservoir computing applications. \n[1]      Topinka\, M. A\, et al. Nano Lett. 2009 9\, 1866–1871 \n[2]      T An et al\, Lab Chip\, 2010\,10\,2052-2056 \n[3]      M Thanihaichelvan M\, et al\, Biosensors and Bioelectronics\, 2019\, 130\, 408-413 \n[4]      Nguyen et al.\, Nanomaterials\, 2021 11 (9)\, 2280 \n[5]      Milano\, G\, et al. Nat. Mater. 2022\, 21 (2)\, 195–202. \n[6]      Kotooka\, T.\, et al. Thermally Stable Ag 2 Se Nanowire Network as an Effective In-Materio Physical Reservoir Computing Device. 2024\, 2400443\, 1–10.  \n[7]      Zhu\, R.\, et al Online Dynamical Learning and Sequence Memory with Neuromorphic Nanowire Networks. Nat. Commun. 2023\, 14 (1)\, 6697.  \n\nShort Bio/CV\nDr Natalie Plank is Deputy Director for Commercialisation and Industry Engagement and an Associate Professor in Physics in the School of Chemical and Physical Sciences at Victoria University of Wellington. Natalie completed a BSc (Hons) in Astrophysics at The University of Edinburgh before doing an MSc in Microelectronics. She then completed her PhD on the functionalisation of carbon nanotubes for molecular electronics with Rebecca Cheung also at The University of Edinburgh. \nNatalie’s research interests are in the area of nanomaterial device fabrication and the characterisation of novel materials. Her current work focuses on nanomaterial device platforms for sensing technology and artificial neural networks. She is interested in carbon nanotubes and ZnO nanowires for nanowire transistor applications and in particular the ability to functionalise the nanomaterial channels with specific biomarkers or memristive molecules. Natalie’s core interests are in low cost fabrication techniques which allow for high throughput of devices whilst maintaining the particular material properties of the unique nanowire system. \n_ \nContact : deborah.verger@grenoble-inp.fr
URL:https://sfp-alpes.fr/event/natali-plank-school-of-chemical-and-physical-sciences-and-the-macdiarmid-institute-for-advanced-materials-and-nanotechnology-victoria-university-of-wellington-new-zealand/
LOCATION:LMGP – salle des séminaires\, Grenoble INP -Phelma 3 parvis Louis Néel\, Grenoble\, 38054\, France
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SUMMARY:Soutenance de Thèse par Léa VALET (CEA-Irig/Biosanté)
DESCRIPTION:Rôles respectifs de Bone Morphogenetic Protein 10 (BMP10) cardiaque et hépatique dans le système cardiovasculaire\nRésumé : \nL’Activin receptor-like kinase 1 (ALK1) est un récepteur principalement exprimé par les cellules endothéliales\, et les mutations perte de fonction de son gène\, ACVRL1\, sont responsables de la télangiectasie hémorragique héréditaire (HHT) aussi appelée maladie de Rendu-Osler\, une pathologie rare caractérisée par de multiples anomalies vasculaires. Ses ligands de haute affinité\, Bone Morphogenetic Protein 9 (BMP9) et Bone Morphogenetic Protein 10 (BMP10)\, jouent un rôle central dans le maintien de l’homéostasie vasculaire. BMP9 est produit par les cellules étoilées du foie\, tandis que BMP10 est classiquement décrit comme étant majoritairement synthétisé par les cardiomyocytes de l’oreillette droite. Toutefois\, des travaux récents ont mis en évidence une production de BMP10 par les cellules étoilées du foie\, remettant en question cette vision classique et suggérant l’existence d’une source hépatique jusqu’alors largement sous-estimée. Cette observation soulève une question fondamentale : quelle est l’origine du BMP10 circulant biologiquement actif et quelle est la contribution respective du cœur et du foie au maintien de l’homéostasie vasculaire dépendante d’ALK1 ? \nPour répondre à cette question\, nous avons développé de nouveaux modèles murins permettant une délétion tissu-spécifique de Bmp10 : une délétion inductible dans les cardiomyocytes et une délétion constitutive dans les cellules étoilées du foie. Ces modèles ont été croisés avec des souris invalidées pour Bmp9 afin d’analyser les conséquences vasculaires de la perte combinée des différents ligands capables d’activer ALK1. Après validation génétique de ces modèles\, nous avons cherché à identifier l’origine du BMP10 circulant biologiquement actif et à caractériser les conséquences physiopathologiques associées à la perte de ces deux ligands. \nDe manière surprenante\, nos résultats révèlent que la délétion de Bmp10 dans le foie entraîne une disparition complète du BMP10 circulant biologiquement actif\, tandis que sa délétion cardiaque n’altère ni sa concentration plasmatique ni son activité biologique. Ces données démontrent ainsi que\, contrairement à ce qui était admis jusqu’à présent\, le foie\, et non le cœur\, constitue la principale source de BMP10 circulant actif. Sur le plan phénotypique\, les souris déficientes pour Bmp9 et Bmp10 hépatique présentent d’importantes altérations vasculaires locales : perte de l’identité endothéliale des sinusoïdes hépatiques associée à une dérégulation de voies métaboliques et à une accumulation de fibres de collagène dans le foie. De façon remarquable\, ces altérations ne se limitent pas au foie mais s’accompagnent d’une atteinte vasculaire systémique\, caractérisée par l’apparition d’anomalies artérioveineuses au niveau intestinal et rénal. Nous mettons également en évidence une atteinte pulmonaire sévère associée à une dilatation marquée des capillaires pulmonaires\, une désorganisation profonde du parenchyme pulmonaire ainsi qu’une augmentation importante de la perméabilité vasculaire. À l’inverse\, aucun de ces phénotypes n’est observé lors de la délétion combinée de Bmp9 et de Bmp10 cardiaque. \nCe travail révèle ainsi un rôle jusqu’alors insoupçonné du foie comme source principale de BMP10 circulant actif. En association avec BMP9\, ce ligand apparaît indispensable au maintien de l’intégrité endothéliale et de l’homéostasie vasculaire. Ces résultats redéfinissent notre compréhension des mécanismes contrôlant l’activation endothéliale d’ALK1 in vivo et apportent un nouvel éclairage sur les mécanismes impliqués dans les pathologies vasculaires associées à cette voie de signalisation\, notamment la maladie de Rendu-Osler. ​ ​​​​ \n\n\n_ \nTitle : The Respective Roles of Cardiac and Hepatic Bone Morphogenetic Protein 10 (BMP10) in the Cardiovascular System \nAbstract​​ : \nActivin receptor-like kinase 1 (ALK1) is a receptor predominantly expressed by endothelial cells\, and loss-of-function mutations in its encoding gene\, ACVRL1\, are responsible for hereditary hemorrhagic telangiectasia (HHT)\, also known as Rendu-Osler disease\, a rare vascular disorder characterized by multiple vascular abnormalities. Its high-affinity ligands\, Bone Morphogenetic Protein 9 (BMP9) and Bone Morphogenetic Protein 10 (BMP10)\, play a central role in maintaining vascular homeostasis. BMP9 is produced by hepatic stellate cells\, whereas BMP10 is essentially described as synthesized by right atrial cardiomyocytes. However\, recent studies have demonstrated BMP10 production by hepatic stellate cells\, challenging this classical view and suggesting the existence of a previously underevaluated hepatic source. This observation raises a fundamental question: what is the origin of biologically active circulating BMP10\, and what are the respective contributions of the heart and the liver to ALK1-dependent vascular homeostasis? \nTo address this question\, we developed novel mouse models allowing tissue-specific deletion of Bmp10\, including an inducible cardiomyocyte-specific knockout and a constitutive hepatic stellate cell-specific knockout (KO). These models were crossed with Bmp9-KO mice to investigate the vascular consequences of the combined loss of the different ligands capable of activating ALK1. Following genetic validation of these models\, we sought to identify the origin of biologically active circulating BMP10 and to characterize the pathophysiological consequences associated with the loss of these two ligands. \nStrikingly\, our results demonstrate that hepatic deletion of Bmp10 leads to the complete loss of biologically active circulating BMP10\, whereas cardiac deletion does not affect either its plasma concentration or its biological activity. These findings demonstrate that\, contrary to the current view\, the liver\, rather than the heart\, is the primary source of biologically active circulating BMP10. Phenotypically\, mice deficient in Bmp9 and hepatic Bmp10 display major local vascular alterations associated with disruption of liver sinusoidal endothelial identity\, dysregulation of hepatic metabolic pathways\, and collagen deposition in the liver. Remarkably\, these alterations are not restricted to the liver but are accompanied by systemic vascular defects\, including the development of arteriovenous abnormalities in the intestine and kidneys. We also demonstrate severe pulmonary alterations characterized by marked dilation of pulmonary capillaries\, profound disruption of lung parenchymal architecture\, and a substantial increase in vascular permeability. In contrast\, none of these phenotypes are observed following the combined deletion of Bmp9 and cardiac Bmp10. \nOverall\, this work uncovers a previously unrecognized role of the liver as the principal source of biologically active circulating BMP10. Together with BMP9\, this ligand is essential for maintaining endothelial integrity and vascular homeostasis. These findings redefine our understanding of the mechanisms governing endothelial ALK1 activation in vivo and provide new insights into the mechanisms underlying vascular diseases associated with this signaling pathway\, particularly hereditary hemorrhagic telangiectasia. \n_ \nATTENTION ! L’entrée d​u site CEA-Grenoble nécessite une autorisation préalable et sur présentation de votre pièce d’identité le jour de votre venue (CI ou passeport\, car le permis de conduire n’est pas recevable). Veuillez impérat​ivement nous contacter par mail avant le 19​ septembre : envoyer un mail \n\n\n\n\nNote : Entry to the CEA-Grenoble site requires prior authorization and the presentation of your ID on the day of your visit (ID card or passport; driver’s licenses are not accepted). Please request this authorization before September 19th to send an e-mail​
URL:https://sfp-alpes.fr/event/soutenance-de-these-par-lea-valet-cea-irig-biosante/
LOCATION:CEA – Salle de Séminaire IRIG (1005 – 445)\, 17\, avenue des Martyrs\, Grenoble\, France
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SUMMARY:Alice CLEYNEN (LJK\, Grenoble)
DESCRIPTION:Les différentes facettes de l’ARN : les opportunités ouvertes par le séquençage direct par nanopore\nRésumé : \nLe séquençage direct de l’ARN (Direct RNA Sequencing\, DRS) par nanopore (Oxford Nanopore Technologies) est une technologie qui lit les molécules d’ARN telles qu’elles existent dans la cellule\, sans jamais les copier. Cette absence d’amplification change la donne à plusieurs titres : elle évite les biais d’estimation de l’abondance des ARN inhérents à toute étape de PCR\, et surtout elle préserve les modifications chimiques qui décorent nativement les molécules — des marques aujourd’hui reconnues comme un véritable langage réactionnel. Autre atout\, les lectures produites (des « long-reads ») couvrent la molécule dans son intégralité\, ce qui permet d’assigner directement chaque lecture à un isoforme\, plutôt que de devoir les reconstruire a posteriori à partir de données au niveau du gène. Cerise sur le gâteau\, le DRS donne aussi accès à la longueur de la queue poly(A)\, dont un nombre croissant d’études souligne le rôle déterminant dans la stabilité et la traduction des ARN. \n_ \nContact : lucie.lamothe@univ-grenoble-alpes.fr
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LOCATION:IMAG – Salle de Réunion\, 150 place du Torrent\, St Martin d’Hères\, 38400\, France
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SUMMARY:Zacharias AMARA (Conservatoire National des Arts et Métiers\, Paris)
DESCRIPTION:From Interface Engineering to Wavelength Control: Selective Photocatalytic Oxidations\nRésumé : \nIn this research seminar\, we present our group’s recent advances in the development of heterogenized photocatalytic systems for selective oxidation reactions. Central to our approach is the creation of well-defined catalytic interfaces through simple and scalable heterogenization strategies\, enabling the use of green solvents while simultaneously enhancing catalyst reactivity\, robustness\, and long-term stability. These engineered interfaces provide a versatile platform for efficient photo-oxidation under mild and sustainable reaction conditions. \nBeyond catalyst design\, control over interfacial phenomena is extended to the reactor level through the implementation of continuous-flow processing. Flow photoreactors offer precise control over mass and heat transfer\, as well as improved photon management\, allowing these heterogenized systems to operate at significantly higher space–time yields. As a result\, photo-\noxidation reactions can be performed with unprecedented productivity\, reproducibility\, and scalability. \nFinally\, an additional level of control is achieved by tuning the excitation wavelength across the visible spectrum and toward lower-energy photons in the near-infrared (NIR) region. Access to wavelength-selective photoactivation enables new photo-oxygenation pathways and unlocks levels of chemoselectivity that are inaccessible under conventional higher-energy irradiation. Together\, the combined control of catalytic interfaces\, reactor architecture\, and light energy establishes a unified strategy for highly selective and efficient photocatalytic oxidation processes. \nFor key references from our group\, see: a) Amara\, Zimberlin\, Atakpa\, Al Ayi\, Lancel\, ACS Inorg. Org. Chem. Au\, 2026\, 6\, 8–22 ; b) Al Ayi\, Atakpa\, Arab\, Lancel\, Amara\, Eur. J. Org. Chem.\, 2024 e202400634 ; c) Lancel\, Lindgren\, Monnereau\, Amara\, Photochem. Photobiol. Sci. 2023\, 23\, 79-92 ; d) Lancel\, Golisano\, Monnereau\, Gomez\, Port\, Amara\, ACS Sustain. Chem. Eng. 2023\, 11\, 15674–15684 ; e) Lancel\, Zimberlin\, Gomez\, Port\, Khrouz\, Monnereau\, Amara J. Org. Chem. 2023\, 88\, 10\, 6498–6508; f) Terra\, Desgranges\, Amara\, Moores\, Catalysis Today\, 2023\, 407\, 52-58 ; g) Lancel\, Gomez\, Port\, Amara\, Front. Chem. Eng.\, 2021\, 3\, 752364. ; h) Gellé\, Price\, Voisard\, Brodusch\, Gauvin\, Amara\, Moores\, ACS Appl. Mater. Interfaces\, 2021\, 13\, 35606-35616 ; i) Blanchard\, Asbai\, Cottet\, Boissonnat\, Port\, Amara\, Org. Process Res. Dev.\, 2020\, 24\, 822-826 ; j) Tambosco\, Segura\, Seyrig\, Cabrera\, Port\, Ferroud\, Amara\, ACS Catal. 2018\, 8\, 4383-4389 \n_ \nContact : adrien.quintard@univ-grenoble-alpes.fr
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LOCATION:DCM – Salle C209\, DCM - Bât Chimie Recherche 301 rue de la Chimie\, St Martin d'Hères\, 38400\, France
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SUMMARY:André MATAGNE (Laboratoire d’enzymologie et de repliement des protéines\, Centre d’ingénierie des protéines\, Département des Sciences de la Vie\, Université de Liège\, Belgique​)
DESCRIPTION:Multiple Roads to Fold : Modular Assembly of a Class A bêta-lactamase Monitored by High-Resolution Hydrogen-Deuterium Exchange\nRésumé : \nClass A β-lactamases\, with their complex architecture and significant size (ca. 29 kDa)\, provide an excellent model for studying key features of protein folding. These enzymes exhibit two particularly interesting structural aspects : the formation of a β-domain in which the β-sheet is assembled from strands contributed by the N- and C-terminal regions of the polypeptide chain\, and the distinctive packing of a large Ω-loop on the protein surface. While protein folding studies have traditionally focused on smaller\, single-domain proteins with simple folding kinetics\, β-lactamases enable the exploration of folding intermediates and alternative pathways in larger systems. \nUsing Bacillus licheniformis BS3 β-lactamase as a model\, we have elucidated the folding process by combining quenched-flow hydrogen/deuterium exchange pulse-labelling with high-resolution methods including 2D-NMR and proteolytic fragmentation mass spectrometry. Together\, these approaches track the formation and stabilization of secondary structure elements over time and reveal kinetically populated folding intermediates. BS3 β-lactamase is particularly well suited for such studies due to its high solubility and stability\, ease of purification\, measurable biological activity\, and well-characterized 3D structure at 1.7 Å resolution. The availability of an assigned 1H-15N HSQC NMR spectrum further supports detailed kinetic and structural analyses\, providing new insights into folding pathways and intermediate states in larger\, multidomain enzymes. \n_ \nLes séminaires et soutenances sont ouverts à tous\, notez toutefois que l’accès au campus EPN nécessite un avis de rendez-vous. Merci de remplir ce formulaire  et de l’adresser\, plus de 48h à l’avance\, à ce contact. \n\nPensez à vous munir d’une pièce d’identité le jour de votre visite.
URL:https://sfp-alpes.fr/event/andre-matagne-laboratoire-denzymologie-et-de-repliement-des-proteines-centre-dingenierie-des-proteines-departement-des-sciences-de-la-vie-universite-de-liege-belgique/
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SUMMARY:Soutenance de Thèse par Mélanie Boudaud (CEA-Irig/Biosanté)
DESCRIPTION:Enhancing the efficacy of ADCs in the ovarian cancer tumour micro-environment\nRésumé : \nAujourd’hui encore\, le cancer de l’ovaire (CO) demeure le cancer gynécologique le plus mortel. Malgré un traitement de première ligne efficace associant une chirurgie cytoréductrice et une chimiothérapie\, près de 80 % des patientes rechutent. En effet\, cette tumeur agressive est le plus souvent diagnostiquée à un stade avancé ce qui favorise les récidives et la chimiorésistance\, soulignant la nécessité de nouvelles stratégies thérapeutiques. \nDans ce contexte\, mon équipe a développé un conjugué anticorps-médicament (Antibody–Drug Conjugate\, ADC) ciblant le Receptor for Advanced Glycation End Products (RAGE). Fortement exprimé à la surface des cellules tumorales ovariennes\, ce récepteur participe activement à plusieurs processus clés de la cancérogenèse\, notamment la prolifération et la survie cellulaire ainsi que l’inflammation. Des résultats préliminaires obtenus dans un modèle murin de cancer de l’endomètre ont montré un bénéfice thérapeutique du RAGE-ADC. Son efficacité dans le CO reste à démontrer. \nLe HGSOC est également caractérisé par un microenvironnement tumoral (MET) particulièrement complexe. Celui-ci est constitué de différents compartiments cellulaires\, dont le tissu adipeux. Les adipocytes\, principaux constituants du tissu adipeux\, sécrètent au cours de leur différenciation de nombreux facteurs favorisant la croissance tumorale\, la dissémination métastatique ainsi que l’établissement de la chimiorésistance. Compte tenu de son rôle majeur dans la progression du CO\, il apparaît essentiel de développer des stratégies thérapeutiques ciblant cette composante du MET. La prokinéticine 2 (PROK2)\, ligand de la famille des prokinéticines\, se lie aux deux récepteurs couplés aux protéines G PROKR1 et PROKR2. Cette protéine\, impliquée dans l’inflammation et l’angiogenèse\, inhibe également la différenciation adipocytaire. Par ailleurs\, mon équipe a récemment montré une augmentation de l’expression de PROK2 dans le CO\, suggérant un rôle protecteur potentiel vis-à-vis du développement tumoral. \nL’objectif principal de ma thèse était d’évaluer l’effet du RAGE-ADC sur les cellules tumorales ovariennes en association avec la PROK2\, afin de cibler simultanément lla tumeur et son MET. Ce projet s’est appuyé sur une première caractérisation in vitro de différents modèles cellulaires. Le modèle murin ID8\, utilisé par la suite pour les expériences in vivo\, a été caractérisé afin de confirmer l’expression de RAGE et d’évaluer les effets de l’ADC sur plusieurs processus tumoraux fondamentaux. Cette approche a été complétée par une caractérisation des adipocytes au cours de leur différenciation à partir des cellules 3T3. Une fois ces modèles validés\, un modèle murin immunocompétent de CO a été utilisé afin d’évaluer l’efficacité thérapeutique du RAGE-ADC et de la PROK2\, administrés seuls ou en combinaison. Des expériences complémentaires ont ensuite été réalisées sur des cultures primaires de tissu adipeux murin et humain afin d’étudier les interactions entre les adipocytes et les cellules cancéreuses. Enfin\, les mécanismes moléculaires impliqués ont été explorés par RNA sequencing. Les travaux réalisés au cours de cette thèse ont permis de confirmer l’efficacité thérapeutique du RAGE-ADC dans un modèle murin immunocompétent. Ils ont également mis en évidence\, une synergie entre le RAGE-ADC et la PROK2\, se traduisant à la fois par une inhibition de la différenciation adipocytaire et par un effet direct sur la tumeur. Ces résultats démontrent pour la première fois un effet antitumoral de la PROK2 dans le CO\, renforcé par le RAGE-ADC\, tout en confirmant son inhibition de la maturation adipocytaire. Enfin\, la rédaction d’une revue de la littérature consacrée aux thérapies émergentes dans le CO a permis de souligner l’importance du tissu adipeux dans la progression tumorale et de mettre en évidence l’intérêt de développer davantage de stratégies thérapeutiques le ciblant\, en complément des approches actuellement centrées sur l’immunité. \n_ \nL’accès au CEA est règlementé. Afin d’obtenir un laissez-passer\, merci de nous contacter bien à l’avance ​par e-mail à cette adresse​​​
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LOCATION:CEA Grenoble – Amphi Dautreppe\, 17\, avenue des Martyrs\, Grenoble\, 38000\, France
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SUMMARY:Soutenance de Thèse par Maria VAL PEVIDA (CEA-Irig/IBS)
DESCRIPTION:Structural study of NADPH oxidase complex NOX1 by cryo-electron microscopy\nRésumé : \nMembrane proteins (MPs) constitute a major class of pharmaceutical targets due to their central roles in essential physiological processes. Among them\, NADPH oxidases (NOX) comprise a family of transmembrane enzymes involved in numerous crucial cellular functions — including host defence\, hormone synthesis\, vascular tone regulation\, and equilibrium — through the regulated production of reactive oxygen species (ROS). NOX1\, one of the human NOX isoforms\, is predominantly expressed in the intestinal epithelium\, where it forms a heterodimeric complex with p22phox in the membrane. Dysregulation of NOX1 activity\, often arising from genetic mutations\, has been associated with early-onset colorectal cancer and inflammatory bowel disease (IBD). Elucidating the three-dimensional structures of MPs and their mechanistic properties is essential to accelerate structure-based drug design strategies. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) has become a powerful technique for resolving MPs structures at atomic resolutions. However\, structural determination of small MPs (<100 kDa) remains challenging due to their low expression levels\, low signal-to-noise ratios\, dependence on detergent solubilisation\, and intrinsic conformational flexibility\, all which complicating particle alignment and high-resolution structure reconstruction. To overcome these limitations\, antigen-binding fragments (Fabs) are frequently employed as fiducials to increase particle size and stabilise specific conformations by binding to defined epitopes. \nIn this thesis\, a lentiviral-based expression system was developed for the overexpression of the NOX1/p22phox complex in HEK293 T-Rex cells. Initial attempts to determine the structure of wild-type NOX1 were unsuccessful due to low production yield and the small size of the complex\, compounded by the lack of a commercially available monoclonal antibody targeting NOX1. To overcome these limitations\, co-expression with the EROS chaperone\, combined with the engineering of a NOX1 mutant\, named NOX12\, enabled improved production. This mutant incorporates modifications in extracellular loops to allow specific recognition by the anti-NOX2 Fab7D5. This strategy increased particle size\, allowing particle alignment and facilitating structural determination of the complex by cryo-EM. High-resolution structure of the core of NOX12 in complex with p22phox and Fab7D5 was determined at an overall resolution of 2.8 Å. In addition\, the structure of the NOX12/p22phox in complex with EROS and Fab7D5 was resolved at an overall resolution of 3.2 Å. This structure revealed a previously uncharacterised interaction mode between EROS and the catalytic subunit. Furthermore\, the structural framework enabled analysis of disease-associated mutations in NOX1 and provided insights into oxygen access pathways. \nThis work provides the first structural insights into NOX1 isoform in complex with its partner p22phox and together with the EROS chaperone\, establishing a framework for understanding its stabilisation and maturation. In addition\, the successful implementation of protein epitope engineering highlights a broadly applicable strategy for studying other NOX isoforms that lack specific antibodies\, in both resting and activated states\, thereby enabling cryo-EM characterisation across this family of MPs. Further studies will be required to elucidate the detailed molecular mechanisms underlying NOX1 activation. ​​​​ \n_ \n\n\nLes séminaires et soutenances sont ouverts à tous\, notez toutefois que l’accès au campus EPN nécessite un avis de rendez-vous. Merci de remplir ce formulaire  et de l’adresser\, plus de 48h à l’avance\, à ce contact.\nPensez à vous munir d’une pièce d’identité le jour de votre visite.
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LOCATION:IBS – Salle des séminaires\, IBS 71 avenue des Martyrs\, Grenoble\, 38042\, France
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SUMMARY:Soutenance de Thèse par Moïra COURSEAUX (CEA-Irig/LPCV)
DESCRIPTION:Evolution du réseau moléculaire associé à LEAFY chez les plantes terrestres\nRésumé : \nApparu chez les algues\, LEAFY (LFY) est un facteur de transcription présent tout au long de l’évolution des plantes terrestres. Initialement connu comme gène essentiel au développement floral chez les plantes à fleurs\, LFY est aussi un régulateur de la formation des méristèmes dans certaines plantes de ce groupe. Chez Arabidopsis thaliana\, LFY agit avec son partenaire UNUSUAL FLORAL ORGAN (UFO)\, qui modifie sa spécificité de liaison à l’ADN et lui permet de réguler des gènes auxquels LFY ne pourrait pas accéder seul. L’interaction entre LFY et UFO est probablement cruciale dans l’histoire évolutive de LFY\, car elle permet une modulation de la spécificité de LFY et élargit ainsi son éventail de gènes cibles. Cependant\, nous ne savons pas quand cette interaction est apparue\, ni si les homologues d’UFO jouent un rôle fonctionnel important chez les plantes terrestres non vasculaires. Notre premier objectif était d’étudier l’évolution de l’interaction LFY-UFO chez les plantes terrestres et son effet sur le réseau de LFY. En combinant des approches phylogénétiques et structurales\, nous avons découvert que les gènes UFO sont restés en faible nombre de copies tout au long de l’évolution et qu’ils seraient apparus avant l’émergence des plantes vasculaires. Afin de comprendre l’évolution moléculaire du complexe LFY-UFO\, nous avons exploré son interaction avec l’ADN chez différentes espèces de plantes terrestres. En dehors des plantes à fleurs\, on ne dispose de données fonctionnelles que pour quelques espèces : la mousse Physcomitrium patens\, la fougère Ceratopteris richardii et les protoplastes du gymnosperme Pinus tabuliformis. Bien que ces données soient précieuses et très informatives\, elles ne concernent que quelques espèces issues de groupes disparates. Ce manque de données nous empêche de comprendre comment LFY a évolué chez les plantes terrestres et comment il a acquis ses fonctions de régulation florale. Notre deuxième objectif était donc de caractériser les fonctions et les cibles de LFY chez les bryophytes Marchantia polymorpha et P. patens. Chez M. polymorpha\, nous montrons que LFY est exprimé dans les structures reproductrices et les méristèmes apicaux\, et qu’il pourrait être impliqué dans l’identité et la différenciation cellulaires. Nous avons exploré comment LFY remplit ses fonctions par le biais de son réseau en aval\, et avons identifié certaines cibles candidates chez M. polymorpha\, tout en démontrant que LFY régule l’expression de l’enzyme LONELY GUY\, impliquée dans la biosynthèse de la cytokinine\, chez P. patens. En replaçant ces nouvelles découvertes dans un cadre évolutif\, nous émettons l’hypothèse que LFY est un régulateur conservé du méristème et de la reproduction sexuée chez les plantes terrestres. L’étude de son réseau chez différentes espèces nous aiderait à déterminer comment la morphologie végétale a évolué d’un point de vue moléculaire.​ \n 
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LOCATION:Bâtiment André Rassat / Chimie E – Salle de conférence RDC​\, 470 rue de la Chimie\, Gières\, 38610\, France
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SUMMARY:Soutenance de Thèse par Mohamad WAHIDI (CEA-Irig/LPCV)
DESCRIPTION:Mécanismes régulateurs à l’échelle du génome impliqués dans l’intégration des signaux lumineux et du CO₂ chez Chlamydomonas reinhardtii\nRésumé : \nLes microalgues sont des algues unicellulaires microscopiques que l’on trouve généralement dans les systèmes d’eau douce et marins et qui peuvent vivre à la fois dans les colonnes d’eau et sur le sol. Ces organismes ont développé la capacité de répondre à des stimuli externes potentiellement mortels\, tels qu’une faible disponibilité environnementale de CO2\, au cours desquels ils activent un mécanisme appelé mécanisme de concentration de CO2 (CCM)\, pour augmenter les niveaux de fixation interne du CO2 dans le pyrénoïde de leurs chloroplastes. Ils ont également développé des propriétés photoprotectrices pour pouvoir se protéger des stimuli lumineux excessifs qui pourraient entraîner un stress oxydatif au niveau cellulaire en dissipant les excès. l’énergie lumineuse en chaleur. D’autre part\, les signaux lumineux provenant de l’environnement externe jouent également un rôle crucial dans la photosynthèse et ses mécanismes associés tels que le CCM et la photoprotection susmentionnés. Lorsque nous pensons au processus de photosynthèse et au CO2\, nous pensons principalement au fait que ce dernier est un substrat nécessaire au processus. Cependant\, le CO2 a également un rôle de signalisation et contrôle l’activation transcriptionnelle de la photoprotection et du CCM même en l’absence de lumière. Les mécanismes de contrôle du CO2 sont mal compris car peu étudiés. Dans ce projet\, j’étudie le rôle de signalisation du CO2 et comment il s’intègre aux signaux lumineux au niveau moléculaire chez Chlamydomonas reinhardtii. Je m’intéresse à élucider les mécanismes par lesquels le CO2 et la lumière convergent pour contrôler la photoprotection et le CCM mais aussi l’expression des gènes à l’échelle du génome. Je me concentre dans un premier temps sur le facteur nucléaire CIA5 qui agit à la croisée du CO2 et de la signalisation lumineuse. CIA5\, également connu sous le nom de CCM1\, a été initialement découvert comme régulateur principal des gènes CCM. Les travaux de notre laboratoire ont montré que CIA5 est également un régulateur clé de l’expression des gènes liés à la photoprotection. Au début de cette thèse\, j’ai mis en place des expériences pour commencer à répondre aux questions suivantes : L’expression de quels gènes\, à l’échelle du génome\, est contrôlée/affectée par le CO2 ? Quels gènes sont contrôlés uniquement par le signal lumineux ? Et quels gènes nécessitent que la lumière et le CO2 soient régulés ? Des expériences de séquençage d’ARN ont été réalisées où les algues ont été soumises à différents niveaux de CO2 et disponibilités de lumière. Les données sont analysées avec la direction et l’aide de notre collaborateur\, le Dr Zoran Nikoloski de l’Université de Potsdam. L’objectif est de créer un réseau de régulation génétique (GRN) à partir des résultats du séquençage afin de proposer des gènes candidats contrôlés par le CO2\, la lumière ou les deux. Certains des candidats seront testés en laboratoire tout au long de cette thèse en commandant des souches déficientes en gènes candidats spécifiques respectifs de la bibliothèque Chlamydomonas (bibliothèque CLiP). Les travaux de cette thèse peuvent contribuer à élargir la liste des découvertes qui élucident les rôles de signalisation réels du CO2 et de la lumière chez Chlamydomonas reinhardtii au niveau moléculaire. Cela peut profiter à la recherche menée sur d’autres sujets tels que le changement climatique et l’avenir des cultures et de la production alimentaire et du développement.​ \n_ \n\n\nATTENTION ! L’entrée d​u site CEA-Grenoble nécessite une autorisation préalable et sur présentation de votre pièce d’identité le jour de votre venue (CI ou passeport\, car le permis de conduire n’est pas recevable). Veuillez nous contacter par mail​​ \n\n\n\n\nNote: Entry to the CEA-Grenoble site requires prior authorization and the presentation of your ID on the day of your visit (ID card or passport; driver’s licenses are not accepted). Please request this authorization by​ e-mail​
URL:https://sfp-alpes.fr/event/soutenance-de-these-par-mohamad-wahidi-cea-irig-lpcv/
LOCATION:CEA Grenoble – Amphi Dautreppe\, 17\, avenue des Martyrs\, Grenoble\, 38000\, France
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SUMMARY:Elise DUMONT (Institut de Chimie de Nice\, Université Côte d’Azur)
DESCRIPTION:Modeling the dynamics of DNA (photo)lesions: from reactivity to repair\nRésumé : \nFormation and repair of DNA lesions embrace a rich and combinatorial chemistry\, where atomic-scale simulations are increasingly helpful to complement and extent experimental evidences. \nThe modeling of DNA structure\, dynamics\, and (photo)chemistry has benefited from a series of recent methodological developments that now allow\, for instance capturing DNA-photosensitizers interactions\, probing new excited-state mechanisms for DNA lesions induction or photostability [1]\, and rationalize the photochemistry or photocatalytic properties of drugs within DNA owing to hybrid QM/MM-MD schemes. \nI will present a series of examples where computational approaches can palliate\, at least partly\, the absence of NMR\, FRET or X-ray data for damaged DNA oligonucleotides\, DNA-drug\nbinding modes or even DNA-proteins interactions at the nucleosomal scale [2\,3]. I will also situate DNA-ligand interactions\, which can be helpful for the design of next-generation G-\nquadruplex-specific photosensitizers [4] or new DNA-inspired photocatalysts [5]. \n[1] A. Frances-Monerris\, H. Gattuso\, D. Roca-Sanjuan\, I. Tunon\, M. Marazzi\, E. Dumont\, A. Monari\, Chem. Sci.\, 2018\, 9:7902-7911\n[2] E. Matouskova\, E. Bignon\, V. E. P. Claerbout\, T. Drsata\, N. Gillet\, A. Monari. E. Dumont\, F. Lankas\, J. Chem. Theory. Comput.\, 2020\, 16(9):5972-5981\n[3] T. Wen\, M. Kermarrec\, E. Dumont\, N. Gillet\, M. M. Greenberg\, J. Am. Chem. Soc.\, 2023\, 145(43):23702-23714\n[4] M. Deiana et al.\, Nucl. Acids. Res.\, 2023\, 51(12):6264-6285\n[5] Z. Pastorel\, J. Zani\, M. Noël\, A. Bartocci\, S. Arseniyadis\, E. Dumont\, Y. Canac\, O. Baslé\, M. Smietana\, Nat. Comm.\, 2026\, 17:7527 \n_ \nContact : anne.milet@univ-grenoble-alpes.fr
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SUMMARY:Xavier RIBAS SALAMAÑA (Universitat de Girona)
DESCRIPTION:Supramolecular Nanocages as Masks for Fullerene Regiofunctionalization and Beyond\nRésumé : \nThe design of a confined cavity dictates the type of guest to be encapsulated\, and supramolecular cages are tunable scaffolds that allow the rational design of their cavities. Nowadays\, easily accessible C60 and C70 fullerene mono-adducts are mainly used in any application (1) due to the hampered accessibility to pure alternative fullerene poly-adduct derivatives. In general\, multi-adduct mixtures with uncontrolled regioselectivity (multi-isomers) are obtained\, and chromatographic purification is too costly and time-consuming. Herein\, porphyrin-based supramolecular nanocapsules (2\,3) are used as supramolecular shadow masks to tame the over-reactivity of Bingel-type cyclopropanation reactions and to have full control over the equatorial regioselectivity\nand the number of additions. Furthermore\, the regioselectivity control is finely tuned using a three-shell Matryoshka-like assembly towards synthesizing a single trans-3 bis-Bingel-C60 for the first time (4). Also\, the mask strategy is extended to C60 and C70 for Bingel and Diels-Alder (5\,6). We envision that the described protocol will produce a plethora of derivatives for applications such as solar cells. We will also discuss our recent selective purification of fullertube mixtures and beyond (7\,8). \nReferences :\n1. E. Castro\, L. Echegoyen et al. J. Mater. Chem. C\, 2018\, 6\, 2635.\n2. C. García-Simón\, X. Ribas\, et al. Nat. Commun. 2014\, 5:5557.\n3. C. Fuertes-Espinosa\, X. Ribas\, et al\, Chem 2020\, 6\, 169–186.\n4. E. Ubasart\, X. Ribas\, et al\, Nat. Chem. 2021\, 13\, 420-427.\n5. V. Iannace\, X. Ribas et al\, J. Am. Chem. Soc. 2024\, 146\, 5186−5194.\n6. T. Pèlachs\, X. Ribas et al\, CCS Chem. 2025\, 7\, 703–715\n7. V. Iannace\, X. Ribas et al\, J. Am. Chem. Soc. 2025\, 147\, 36079−36084\n8. V. Iannace\, X. Ribas\, Acc. Chem. Res. 2026\, 59\, 1414−1425 \n_ \nContact : noemie.lalaoui@univ-grenoble-alpes.fr
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SUMMARY:Gyorgy SZALOKI (Université Paul Sabatier – Toulouse)
DESCRIPTION:Towards confined gold catalysis\nRésumé : \nGold complexes have been the subject of an intense research over the past decade.[1] The main driving force to this interest is to impart new reactivity to these complexes\, that can be leveraged in catalysis. In addition to the widely used ligand engineering strategy\,[2] the concept of confining gold complexes within supramolecular cages has also shown a great\npotential.[3] Toste et coll. have demonstrated\, that small cationic gold complexes (LAu+\, L = Me3P)\, generated within anionic cages show a markedly different reactivity compared to their non-confined analogues. However\, the small cavity size of the cage (251 Å3) has not allowed to extend this concept to larger complexes (L = tBuP\, NHC) and substrates. Indeed\, one obstacle\nto overcome is the synthesis of large anionic cages\, that is far from being straightforward.\nIn order to design and synthesize large anionic cages\, we have implemented a rational approach combining modellizations and cavity size calculations.[4] As a result\, we have prepared an anionic\, cyclotricatechylene based supramolecular cage 1 with a large cavity (558 Å3).[5] Recently\, we have been studying the host-guest chemistry of this cage\, in order to prepare the confined gold-catalyst (Au+@1\, Figure 1). The catalytic activity of Au+@1 is being studied\, with special attention to the synthetically challenging gold catalyzed macrocyclizations. \nFigure 1. Concept: Using the confinement effect to alter the reactivity of gold complexes. \nAcknowledgements\nThe CNRS\, the ANR and the French Ministry of Higher Education and Research is gratefully acknowledged for funding. \nReferences\n[1] L. Rochigiani\, M. Bochmann Chem. Rev. 2021\, 121\, 8364.\n[2] J. Rodriguez\, G. Szalóki\, E. D. Sosa Carizzo\, N. Saffon-Merceron\, K. Miqueu\, D. Bourissou Angew. Chem. Int. Ed.\, 2020\, 59\, 1511;\n(b) G. Szalóki\, J. Babinot\, V. Martin-Diaconescu\, S. Mallet-Ladeira\, Y. Garcia-Rodeja\, K. Miqueu\, D. Bourissou Chem. Sci. 2022\, 13\, 10499.\n[3] M. Morimoto\, S. M. Bierschenk\, K. T. Xia\, R. G. Bergman\, K. N. Raymond\, D. F. Toste Nat. Catal. 2020\, 3\, 969.\n[4] J. V. S. Guerra\, L. F. G. Alves\, D. Bourissou\, P. S. Lopes-de-Oliveira\, G. Szalóki J. Chem. Inf. Model. 2023\, 63\, 3772.\n[5] Y. Diack\, S. Mallet-Ladeira\, D. Lesage\, J. V. S. Guerra\, D. Bourissou\, G. Szalóki Chem. Commun. 2025\, 61\, 8003 \n_ \nContact : noemie.lalaoui@univ-grenoble-alpes.fr
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SUMMARY:Soutenance de Thèse par Irene SUAREZ ANTUNA (DCM (équipe CIRe))
DESCRIPTION:Bio-inspired strategies for small molecule activation: from photochemical H2 production to electrochemical CO2 reduction\n_ \nContact : Nathalie.Camerino@univ-grenoble-alpes.fr \n 
URL:https://sfp-alpes.fr/event/soutenance-de-these-par-irene-suarez-antuna-dcm-equipe-cire/
LOCATION:Maison Jean Kuntzmann – amphithéâtre\, 110\, rue de la Chimie\, Saint-Martin-d'Hères\, 38400\, France
CATEGORIES:Soutenance,Soutenance de Thèse
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SUMMARY:Soutenance de Thèse par Lucie RIVET (CEA-Irig/SyMMES)
DESCRIPTION:Synthèse et caractérisation de polymères d’accepteurs non fullerène stables pour des cellules solaires « tout polymère »\nRésumé : \nAu cours des cinq dernières années\, les cellules solaires organiques (CSO) ont montré une forte progression de leurs performances dépassant 20% de rendement photovoltaïque en 2022. La formulation de ces deux matériaux sous forme d’encre imprimable rend possible l’industrialisation de ce procédé sur des substrats flexibles et par des techniques d’impression à haute vitesse. La bascule vers l’industrialisation à grande échelle est proche mais il reste à s’affranchir de plusieurs verrous technologiques importants. Parmi les approches permettant d’augmenter la stabilité des couches actives\, le remplacement des petites molécules acceptrices appelée accepteurs non fullerène par leurs dérivés polymères a récemment attiré notre attention. Ils présentent plusieurs avantages : une grande facilité de formulation sous forme d’encres solubles dans des solvants non halogénés\, une nano-morphologie robuste permettant une stabilité à long terme et l’accession a des couches plus épaisses grâce au mélange de deux polymères.​​​​​
URL:https://sfp-alpes.fr/event/soutenance-de-these-par-lucie-rivet-cea-irig-symmes/
LOCATION:Basilique du Sacré Cœur – salle de conférence\, 4 rue Emile Gueymard\, Grenoble\, 38000\, France
CATEGORIES:Soutenance,Soutenance de Thèse
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SUMMARY:Ramón RIAL (Centro Singular de Investigación en Química Biolóxica e Materiais Moleculares (CIQUS)\, Departamento de Física Aplicada\, Universidade de Santiago de Compostela\, Spain)
DESCRIPTION:Dynamic Supramolecular Eutectogels with Reversible Light Driven Reconfiguration\nRésumé : \nDeep eutectic solvents (DESs) constitute a highly tunable class of liquid media formed by the association of two or more components (e.g.\, a hydrogen-bond donor and an organic salt)\, whose extensive hydrogen bonding interactions result in a pronounced depression of the melting point. Their composition-dependent physicochemical properties make DESs particularly attractive for directing the self-assembly of functional soft materials [1\,2]. In this context\, eutectogels (gels formed within DES media)\, offer a versatile platform in which solvent–solute interactions can be exploited to modulate macroscopic material properties beyond those dictated by the gelator alone [3]. \nHerein\, we report a versatile strategy for the design of light-responsive eutectogels with intrinsically tunable mechanical properties. The approach relies on the supramolecular co-assembly of an amphiphilic component with a rationally designed azobenzene derivative engineered for high solubility in water-free DES media. Through complementary characterization across molecular and mesoscale length scales\, we provided a detailed understanding of the heterotypic interactions underlying the formation of elongated\, one-dimensional supramolecular networks. We further establish that photoisomerization of the azobenzene units induces pronounced rearrangements of these networks\, providing a molecular-level mechanism for controlling the material’s hierarchical organization. \nUpon ultraviolet irradiation\, this molecular reconfiguration leads to an abrupt gel-to-sol transition\, effectively erasing the material’s solid-like mechanical response. Subsequent exposure to visible light reverses the process\, restoring the gel state and recovering a mechanically robust network that remains stable during prolonged storage without appreciable loss of performance. Remarkably\, the optically driven transition is highly reversible and cyclable\, enabling repeated switching between gel and sol states without detectable deterioration of structural integrity or mechanical properties. Collectively\, these results demonstrate how molecular photochemical events can be translated into reversible macroscopic mechanical actuation\, establishing DES-based supramolecular eutectogels as promising platforms for dynamically reconfigurable soft matter. \nReferences :\n[1] Hansen\, B. et al.\, Chem. Rev. 2021\, 101\, 1232-1285.\n[2] P. A. Mercadal\, A. González\, A. Beloqui\, L. C. Tomé\, D. Mecerreyes\, M. Calderón and M. L. Picchio\, JACS Au\, 2024\, 4\, 3744-3758.\n[3] A. Sanchez-Fernandez\, J. F. Poon\, A. E. Leung\, S. F. Prevost and C. Dicko\, ACS Nano\, 2024\, 18\, 18314-18326. \nOrsolya Czakkel (College 9 Secretary) \nExternal visitors may ask for a site access to : tellier@ill.fr \nZoom link : https://ill.zoom.us/j/93326326401?pwd=mq7JqMLctpkqw7hIcPWTq6QGt8nGOg.1 – Password : SeminarC3 \n 
URL:https://sfp-alpes.fr/event/ramon-rial-centro-singular-de-investigacion-en-quimica-bioloxica-e-materiais-moleculares-ciqus-departamento-de-fisica-aplicada-universidade-de-santiago-de-compostela-spain/
LOCATION:ILL – Salle de Séminaire (110-111)\, ILL 50 71 avenue des Martyrs\, Grenoble\, 38042\, France
CATEGORIES:Séminaire
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SUMMARY:Soutenance de Thèse par Carmen COIRRY (CEA-Irig/BGE)
DESCRIPTION:Etude des fonctions catalytiques et non-catalytiques de la déubiquitinase USP36 chez Drosophila melanogaster\nRésumé : \nL’ubiquitination est une modification post-traductionnelle essentielle à la régulation de nombreux processus cellulaires tels que la croissance\, la prolifération\, la transcription\, la réparation de l’ADN ou encore l’apoptose. Cette modification est réversible grâce à l’action des déubiquitinases (DUB)\, des enzymes capables de retirer les molécules d’ubiquitine des protéines cibles et ainsi de moduler leur stabilité\, leur localisation et leur activité. Parmi elles\, USP36 (« Ubiquitin-Specific Protease 36») est une déubiquitinase nucléolaire impliquée dans la régulation de la stabilité de plusieurs protéines\, dont le facteur de transcription c-MYC\, un régulateur majeur de la croissance cellulaire et un oncogène fréquemment dérégulé dans de nombreux cancers.\nCette thèse vise à caractériser les fonctions catalytiques et non catalytiques de USP36 in vivo\, en utilisant Drosophila melanogaster comme organisme modèle. Pour distinguer les fonctions dépendantes de son activité enzymatique de celles liées à la présence de la protéine elle-même\, une lignée mutante exprimant une forme de USP36 dépourvue d’activité catalytique a été générée. L’étude de ce modèle révèle que\, contrairement à l’absence complète de USP36\, la perte de son activité catalytique n’empêche pas le développement jusqu’à l’âge adulte. Ces résultats mettent ainsi en évidence des fonctions de USP36 indépendantes de son activité de déubiquitination\, notamment dans le contrôle de la croissance et de la prolifération cellulaire. En revanche\, l’activité catalytique de USP36 s’avère essentielle à la fertilité mâle. Les mutants catalytiques présentent une diminution importante de la production de spermatozoïdes matures\, associée à des défauts de spermatogenèse. L’analyse de la spermatogenèse met notamment en évidence des altérations de la différentiation et de l’individualisation des spermatides\, révélant un rôle spécifique de l’activité enzymatique de USP36 dans le développement des cellules germinales mâles. Des analyses complémentaires suggèrent une implication de USP36 au niveau de structures nucléaires spécifiques des spermatocytes appelés Y-loops\, avec un impact sur la transcription des gènes portés par le chromosome Y.\n​ Au final\, ces travaux montrent que la présence de la protéine USP36\, même dépourvue d’activité catalytique\, est suffisante pour assurer certaines fonctions essentielles à la croissance et à la prolifération cellulaire\, et que son activité de déubiquitination est spécifiquement requise pour la spermatogenèse. Cette étude révèle ainsi une dissociation fonctionnelle entre les activités catalytiques et non catalytiques de USP36 in vivo et souligne l’importance de prendre en compte et de distinguer ces différentes lors de l’étude des déubiquitinases dans leur contexte physiologique ou pathologique. ​​​​
URL:https://sfp-alpes.fr/event/soutenance-de-these-par-carmen-coirry-cea-irig-bge/
LOCATION:Faculté de Médecine-Pharmacie – salle des soutenances\, Grenoble\, 38000\, France
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SUMMARY:Soutenance de Thèse par Marie PERRIER (CEA-Irig/BGE)
DESCRIPTION:Etude de l’impact de l’inhibition pharmacologique de l’activité enzymatique de la déubiquitinase UCH-L1 sur la signalisation calcique\, les canaux ioniques et le protéome des neurones corticaux de souris\nRésumé : \nL’ubiquitination est une modification post-traductionnelle qui vise à la liaison covalente de l’ubiquitine sur des protéines cibles. Ce mécanisme contrôle la destinée des protéines\, via leur dégradation par le protéasome ou les lysosomes\, et régule de nombreux processus biologiques comme l’endocytose\, la localisation subcellulaire ou l’activité des protéines ubiquitinées. Elle est réversible grâce à des protéases appelées déubiquitinases (DUBs) dont UCH-L1\, qui est prédominante dans le cerveau. Cette enzyme a été associée à plusieurs maladies neurodégénératives mais ses fonctions biologiques et ses substrats restent encore partiellement caractérisés. Afin d’approfondir la compréhension de ses rôles cellulaires\, nous avons utilisé deux inhibiteurs pharmacologiques sélectifs de UCH-L1 : l’IMP1710 et le GK13S.\nDes expériences d’imagerie calcique Fura-2 montrent que l’inhibition de UCH-L1 réduit l’influx de calcium (Ca2+) à travers les canaux calciques dépendants du voltage (VGCCs) dans des neurones corticaux d’embryons de souris\, principalement via les canaux sensibles aux dihydropyridines (VGCCs de type L). Ces inhibiteurs réduisent également la quantité totale de protéines Cav1.2 dans les neurones mais pas dans les lignées cellulaires cancéreuses. Des expériences de biotinylation de surface ont montré une réduction de la quantité de protéines Cav1.2 à la membrane plasmique. De plus\, l’inhibition de UCH-L1 diminue la taille des réserves de Ca2+ mobilisables du réticulum endoplasmique et des lysosomes\, ainsi que l’entrée capacitative de Ca2+ (store-operated Ca²⁺ entry). Nous avons ensuite établi que l’inhibition de UCH-L1 réduit d’autres flux ioniques dont ceux à travers les récepteurs NMDA et les canaux TRPC6 et TRPM7.\nEn parallèle\, une double approche protéomique quantitative par spectrométrie de masse (marquage isobare et sans marquage) a été réalisée afin de caractériser les potentiels substrats de UCH-L1. Cette stratégie a permis d’identifier sept protéines communes aux deux techniques dont l’abondance diminue fortement suite à l’inhibition de UCH-L1. Parmi celles-ci figure USP11\, une DUB connue pour son implication dans le développement du cortex cérébral. Ce résultat a été confirmé par western blot dans les neurones\, sans effet équivalent dans les cellules cancéreuses.\nEn conclusion\, cette étude met en avant le rôle de UCH-L1\, l’une des principales DUBs cérébrales\, dans la régulation du transport ionique à travers la membrane plasmique des neurones et identifie USP11 comme l’un de ses substrats potentiels. Ces travaux apportent des connaissances nouvelles sur les fonctions cellulaires de UCH-L1 et contribuent à approfondir notre compréhension de son rôle dans le cerveau . ​​​​
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