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SUMMARY:Soutenance de Thèse par Mohamad WAHIDI (CEA-Irig/LPCV)
DESCRIPTION:Mécanismes régulateurs à l’échelle du génome impliqués dans l’intégration des signaux lumineux et du CO₂ chez Chlamydomonas reinhardtii\nRésumé : \nLes microalgues sont des algues unicellulaires microscopiques que l’on trouve généralement dans les systèmes d’eau douce et marins et qui peuvent vivre à la fois dans les colonnes d’eau et sur le sol. Ces organismes ont développé la capacité de répondre à des stimuli externes potentiellement mortels\, tels qu’une faible disponibilité environnementale de CO2\, au cours desquels ils activent un mécanisme appelé mécanisme de concentration de CO2 (CCM)\, pour augmenter les niveaux de fixation interne du CO2 dans le pyrénoïde de leurs chloroplastes. Ils ont également développé des propriétés photoprotectrices pour pouvoir se protéger des stimuli lumineux excessifs qui pourraient entraîner un stress oxydatif au niveau cellulaire en dissipant les excès. l’énergie lumineuse en chaleur. D’autre part\, les signaux lumineux provenant de l’environnement externe jouent également un rôle crucial dans la photosynthèse et ses mécanismes associés tels que le CCM et la photoprotection susmentionnés. Lorsque nous pensons au processus de photosynthèse et au CO2\, nous pensons principalement au fait que ce dernier est un substrat nécessaire au processus. Cependant\, le CO2 a également un rôle de signalisation et contrôle l’activation transcriptionnelle de la photoprotection et du CCM même en l’absence de lumière. Les mécanismes de contrôle du CO2 sont mal compris car peu étudiés. Dans ce projet\, j’étudie le rôle de signalisation du CO2 et comment il s’intègre aux signaux lumineux au niveau moléculaire chez Chlamydomonas reinhardtii. Je m’intéresse à élucider les mécanismes par lesquels le CO2 et la lumière convergent pour contrôler la photoprotection et le CCM mais aussi l’expression des gènes à l’échelle du génome. Je me concentre dans un premier temps sur le facteur nucléaire CIA5 qui agit à la croisée du CO2 et de la signalisation lumineuse. CIA5\, également connu sous le nom de CCM1\, a été initialement découvert comme régulateur principal des gènes CCM. Les travaux de notre laboratoire ont montré que CIA5 est également un régulateur clé de l’expression des gènes liés à la photoprotection. Au début de cette thèse\, j’ai mis en place des expériences pour commencer à répondre aux questions suivantes : L’expression de quels gènes\, à l’échelle du génome\, est contrôlée/affectée par le CO2 ? Quels gènes sont contrôlés uniquement par le signal lumineux ? Et quels gènes nécessitent que la lumière et le CO2 soient régulés ? Des expériences de séquençage d’ARN ont été réalisées où les algues ont été soumises à différents niveaux de CO2 et disponibilités de lumière. Les données sont analysées avec la direction et l’aide de notre collaborateur\, le Dr Zoran Nikoloski de l’Université de Potsdam. L’objectif est de créer un réseau de régulation génétique (GRN) à partir des résultats du séquençage afin de proposer des gènes candidats contrôlés par le CO2\, la lumière ou les deux. Certains des candidats seront testés en laboratoire tout au long de cette thèse en commandant des souches déficientes en gènes candidats spécifiques respectifs de la bibliothèque Chlamydomonas (bibliothèque CLiP). Les travaux de cette thèse peuvent contribuer à élargir la liste des découvertes qui élucident les rôles de signalisation réels du CO2 et de la lumière chez Chlamydomonas reinhardtii au niveau moléculaire. Cela peut profiter à la recherche menée sur d’autres sujets tels que le changement climatique et l’avenir des cultures et de la production alimentaire et du développement.​ \n_ \n\n\nATTENTION ! L’entrée d​u site CEA-Grenoble nécessite une autorisation préalable et sur présentation de votre pièce d’identité le jour de votre venue (CI ou passeport\, car le permis de conduire n’est pas recevable). Veuillez nous contacter par mail​​ \n\n\n\n\nNote: Entry to the CEA-Grenoble site requires prior authorization and the presentation of your ID on the day of your visit (ID card or passport; driver’s licenses are not accepted). Please request this authorization by​ e-mail​
URL:https://sfp-alpes.fr/event/soutenance-de-these-par-mohamad-wahidi-cea-irig-lpcv/
LOCATION:CEA Grenoble – Amphi Dautreppe\, 17\, avenue des Martyrs\, Grenoble\, 38000\, France
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SUMMARY:Elise DUMONT (Institut de Chimie de Nice\, Université Côte d’Azur)
DESCRIPTION:Modeling the dynamics of DNA (photo)lesions: from reactivity to repair\nRésumé : \nFormation and repair of DNA lesions embrace a rich and combinatorial chemistry\, where atomic-scale simulations are increasingly helpful to complement and extent experimental evidences. \nThe modeling of DNA structure\, dynamics\, and (photo)chemistry has benefited from a series of recent methodological developments that now allow\, for instance capturing DNA-photosensitizers interactions\, probing new excited-state mechanisms for DNA lesions induction or photostability [1]\, and rationalize the photochemistry or photocatalytic properties of drugs within DNA owing to hybrid QM/MM-MD schemes. \nI will present a series of examples where computational approaches can palliate\, at least partly\, the absence of NMR\, FRET or X-ray data for damaged DNA oligonucleotides\, DNA-drug\nbinding modes or even DNA-proteins interactions at the nucleosomal scale [2\,3]. I will also situate DNA-ligand interactions\, which can be helpful for the design of next-generation G-\nquadruplex-specific photosensitizers [4] or new DNA-inspired photocatalysts [5]. \n[1] A. Frances-Monerris\, H. Gattuso\, D. Roca-Sanjuan\, I. Tunon\, M. Marazzi\, E. Dumont\, A. Monari\, Chem. Sci.\, 2018\, 9:7902-7911\n[2] E. Matouskova\, E. Bignon\, V. E. P. Claerbout\, T. Drsata\, N. Gillet\, A. Monari. E. Dumont\, F. Lankas\, J. Chem. Theory. Comput.\, 2020\, 16(9):5972-5981\n[3] T. Wen\, M. Kermarrec\, E. Dumont\, N. Gillet\, M. M. Greenberg\, J. Am. Chem. Soc.\, 2023\, 145(43):23702-23714\n[4] M. Deiana et al.\, Nucl. Acids. Res.\, 2023\, 51(12):6264-6285\n[5] Z. Pastorel\, J. Zani\, M. Noël\, A. Bartocci\, S. Arseniyadis\, E. Dumont\, Y. Canac\, O. Baslé\, M. Smietana\, Nat. Comm.\, 2026\, 17:7527 \n_ \nContact : anne.milet@univ-grenoble-alpes.fr
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SUMMARY:Xavier RIBAS SALAMAÑA (Universitat de Girona)
DESCRIPTION:Supramolecular Nanocages as Masks for Fullerene Regiofunctionalization and Beyond\nRésumé : \nThe design of a confined cavity dictates the type of guest to be encapsulated\, and supramolecular cages are tunable scaffolds that allow the rational design of their cavities. Nowadays\, easily accessible C60 and C70 fullerene mono-adducts are mainly used in any application (1) due to the hampered accessibility to pure alternative fullerene poly-adduct derivatives. In general\, multi-adduct mixtures with uncontrolled regioselectivity (multi-isomers) are obtained\, and chromatographic purification is too costly and time-consuming. Herein\, porphyrin-based supramolecular nanocapsules (2\,3) are used as supramolecular shadow masks to tame the over-reactivity of Bingel-type cyclopropanation reactions and to have full control over the equatorial regioselectivity\nand the number of additions. Furthermore\, the regioselectivity control is finely tuned using a three-shell Matryoshka-like assembly towards synthesizing a single trans-3 bis-Bingel-C60 for the first time (4). Also\, the mask strategy is extended to C60 and C70 for Bingel and Diels-Alder (5\,6). We envision that the described protocol will produce a plethora of derivatives for applications such as solar cells. We will also discuss our recent selective purification of fullertube mixtures and beyond (7\,8). \nReferences :\n1. E. Castro\, L. Echegoyen et al. J. Mater. Chem. C\, 2018\, 6\, 2635.\n2. C. García-Simón\, X. Ribas\, et al. Nat. Commun. 2014\, 5:5557.\n3. C. Fuertes-Espinosa\, X. Ribas\, et al\, Chem 2020\, 6\, 169–186.\n4. E. Ubasart\, X. Ribas\, et al\, Nat. Chem. 2021\, 13\, 420-427.\n5. V. Iannace\, X. Ribas et al\, J. Am. Chem. Soc. 2024\, 146\, 5186−5194.\n6. T. Pèlachs\, X. Ribas et al\, CCS Chem. 2025\, 7\, 703–715\n7. V. Iannace\, X. Ribas et al\, J. Am. Chem. Soc. 2025\, 147\, 36079−36084\n8. V. Iannace\, X. Ribas\, Acc. Chem. Res. 2026\, 59\, 1414−1425 \n_ \nContact : noemie.lalaoui@univ-grenoble-alpes.fr
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SUMMARY:Gyorgy SZALOKI (Université Paul Sabatier – Toulouse)
DESCRIPTION:Towards confined gold catalysis\nRésumé : \nGold complexes have been the subject of an intense research over the past decade.[1] The main driving force to this interest is to impart new reactivity to these complexes\, that can be leveraged in catalysis. In addition to the widely used ligand engineering strategy\,[2] the concept of confining gold complexes within supramolecular cages has also shown a great\npotential.[3] Toste et coll. have demonstrated\, that small cationic gold complexes (LAu+\, L = Me3P)\, generated within anionic cages show a markedly different reactivity compared to their non-confined analogues. However\, the small cavity size of the cage (251 Å3) has not allowed to extend this concept to larger complexes (L = tBuP\, NHC) and substrates. Indeed\, one obstacle\nto overcome is the synthesis of large anionic cages\, that is far from being straightforward.\nIn order to design and synthesize large anionic cages\, we have implemented a rational approach combining modellizations and cavity size calculations.[4] As a result\, we have prepared an anionic\, cyclotricatechylene based supramolecular cage 1 with a large cavity (558 Å3).[5] Recently\, we have been studying the host-guest chemistry of this cage\, in order to prepare the confined gold-catalyst (Au+@1\, Figure 1). The catalytic activity of Au+@1 is being studied\, with special attention to the synthetically challenging gold catalyzed macrocyclizations. \nFigure 1. Concept: Using the confinement effect to alter the reactivity of gold complexes. \nAcknowledgements\nThe CNRS\, the ANR and the French Ministry of Higher Education and Research is gratefully acknowledged for funding. \nReferences\n[1] L. Rochigiani\, M. Bochmann Chem. Rev. 2021\, 121\, 8364.\n[2] J. Rodriguez\, G. Szalóki\, E. D. Sosa Carizzo\, N. Saffon-Merceron\, K. Miqueu\, D. Bourissou Angew. Chem. Int. Ed.\, 2020\, 59\, 1511;\n(b) G. Szalóki\, J. Babinot\, V. Martin-Diaconescu\, S. Mallet-Ladeira\, Y. Garcia-Rodeja\, K. Miqueu\, D. Bourissou Chem. Sci. 2022\, 13\, 10499.\n[3] M. Morimoto\, S. M. Bierschenk\, K. T. Xia\, R. G. Bergman\, K. N. Raymond\, D. F. Toste Nat. Catal. 2020\, 3\, 969.\n[4] J. V. S. Guerra\, L. F. G. Alves\, D. Bourissou\, P. S. Lopes-de-Oliveira\, G. Szalóki J. Chem. Inf. Model. 2023\, 63\, 3772.\n[5] Y. Diack\, S. Mallet-Ladeira\, D. Lesage\, J. V. S. Guerra\, D. Bourissou\, G. Szalóki Chem. Commun. 2025\, 61\, 8003 \n_ \nContact : noemie.lalaoui@univ-grenoble-alpes.fr
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SUMMARY:Soutenance de Thèse par Irene SUAREZ ANTUNA (DCM (équipe CIRe))
DESCRIPTION:Bio-inspired strategies for small molecule activation: from photochemical H2 production to electrochemical CO2 reduction\n_ \nContact : Nathalie.Camerino@univ-grenoble-alpes.fr \n 
URL:https://sfp-alpes.fr/event/soutenance-de-these-par-irene-suarez-antuna-dcm-equipe-cire/
LOCATION:Maison Jean Kuntzmann – amphithéâtre\, 110\, rue de la Chimie\, Saint-Martin-d'Hères\, 38400\, France
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SUMMARY:Soutenance de Thèse par Lucie RIVET (CEA-Irig/SyMMES)
DESCRIPTION:Synthèse et caractérisation de polymères d’accepteurs non fullerène stables pour des cellules solaires « tout polymère »\nRésumé : \nAu cours des cinq dernières années\, les cellules solaires organiques (CSO) ont montré une forte progression de leurs performances dépassant 20% de rendement photovoltaïque en 2022. La formulation de ces deux matériaux sous forme d’encre imprimable rend possible l’industrialisation de ce procédé sur des substrats flexibles et par des techniques d’impression à haute vitesse. La bascule vers l’industrialisation à grande échelle est proche mais il reste à s’affranchir de plusieurs verrous technologiques importants. Parmi les approches permettant d’augmenter la stabilité des couches actives\, le remplacement des petites molécules acceptrices appelée accepteurs non fullerène par leurs dérivés polymères a récemment attiré notre attention. Ils présentent plusieurs avantages : une grande facilité de formulation sous forme d’encres solubles dans des solvants non halogénés\, une nano-morphologie robuste permettant une stabilité à long terme et l’accession a des couches plus épaisses grâce au mélange de deux polymères.​​​​​
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LOCATION:Basilique du Sacré Cœur – salle de conférence\, 4 rue Emile Gueymard\, Grenoble\, 38000\, France
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SUMMARY:Ramón RIAL (Centro Singular de Investigación en Química Biolóxica e Materiais Moleculares (CIQUS)\, Departamento de Física Aplicada\, Universidade de Santiago de Compostela\, Spain)
DESCRIPTION:Dynamic Supramolecular Eutectogels with Reversible Light Driven Reconfiguration\nRésumé : \nDeep eutectic solvents (DESs) constitute a highly tunable class of liquid media formed by the association of two or more components (e.g.\, a hydrogen-bond donor and an organic salt)\, whose extensive hydrogen bonding interactions result in a pronounced depression of the melting point. Their composition-dependent physicochemical properties make DESs particularly attractive for directing the self-assembly of functional soft materials [1\,2]. In this context\, eutectogels (gels formed within DES media)\, offer a versatile platform in which solvent–solute interactions can be exploited to modulate macroscopic material properties beyond those dictated by the gelator alone [3]. \nHerein\, we report a versatile strategy for the design of light-responsive eutectogels with intrinsically tunable mechanical properties. The approach relies on the supramolecular co-assembly of an amphiphilic component with a rationally designed azobenzene derivative engineered for high solubility in water-free DES media. Through complementary characterization across molecular and mesoscale length scales\, we provided a detailed understanding of the heterotypic interactions underlying the formation of elongated\, one-dimensional supramolecular networks. We further establish that photoisomerization of the azobenzene units induces pronounced rearrangements of these networks\, providing a molecular-level mechanism for controlling the material’s hierarchical organization. \nUpon ultraviolet irradiation\, this molecular reconfiguration leads to an abrupt gel-to-sol transition\, effectively erasing the material’s solid-like mechanical response. Subsequent exposure to visible light reverses the process\, restoring the gel state and recovering a mechanically robust network that remains stable during prolonged storage without appreciable loss of performance. Remarkably\, the optically driven transition is highly reversible and cyclable\, enabling repeated switching between gel and sol states without detectable deterioration of structural integrity or mechanical properties. Collectively\, these results demonstrate how molecular photochemical events can be translated into reversible macroscopic mechanical actuation\, establishing DES-based supramolecular eutectogels as promising platforms for dynamically reconfigurable soft matter. \nReferences :\n[1] Hansen\, B. et al.\, Chem. Rev. 2021\, 101\, 1232-1285.\n[2] P. A. Mercadal\, A. González\, A. Beloqui\, L. C. Tomé\, D. Mecerreyes\, M. Calderón and M. L. Picchio\, JACS Au\, 2024\, 4\, 3744-3758.\n[3] A. Sanchez-Fernandez\, J. F. Poon\, A. E. Leung\, S. F. Prevost and C. Dicko\, ACS Nano\, 2024\, 18\, 18314-18326. \nOrsolya Czakkel (College 9 Secretary) \nExternal visitors may ask for a site access to : tellier@ill.fr \nZoom link : https://ill.zoom.us/j/93326326401?pwd=mq7JqMLctpkqw7hIcPWTq6QGt8nGOg.1 – Password : SeminarC3 \n 
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LOCATION:ILL – Salle de Séminaire (110-111)\, ILL 50 71 avenue des Martyrs\, Grenoble\, 38042\, France
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SUMMARY:Soutenance de Thèse par Carmen COIRRY (CEA-Irig/BGE)
DESCRIPTION:Etude des fonctions catalytiques et non-catalytiques de la déubiquitinase USP36 chez Drosophila melanogaster\nRésumé : \nL’ubiquitination est une modification post-traductionnelle essentielle à la régulation de nombreux processus cellulaires tels que la croissance\, la prolifération\, la transcription\, la réparation de l’ADN ou encore l’apoptose. Cette modification est réversible grâce à l’action des déubiquitinases (DUB)\, des enzymes capables de retirer les molécules d’ubiquitine des protéines cibles et ainsi de moduler leur stabilité\, leur localisation et leur activité. Parmi elles\, USP36 (« Ubiquitin-Specific Protease 36») est une déubiquitinase nucléolaire impliquée dans la régulation de la stabilité de plusieurs protéines\, dont le facteur de transcription c-MYC\, un régulateur majeur de la croissance cellulaire et un oncogène fréquemment dérégulé dans de nombreux cancers.\nCette thèse vise à caractériser les fonctions catalytiques et non catalytiques de USP36 in vivo\, en utilisant Drosophila melanogaster comme organisme modèle. Pour distinguer les fonctions dépendantes de son activité enzymatique de celles liées à la présence de la protéine elle-même\, une lignée mutante exprimant une forme de USP36 dépourvue d’activité catalytique a été générée. L’étude de ce modèle révèle que\, contrairement à l’absence complète de USP36\, la perte de son activité catalytique n’empêche pas le développement jusqu’à l’âge adulte. Ces résultats mettent ainsi en évidence des fonctions de USP36 indépendantes de son activité de déubiquitination\, notamment dans le contrôle de la croissance et de la prolifération cellulaire. En revanche\, l’activité catalytique de USP36 s’avère essentielle à la fertilité mâle. Les mutants catalytiques présentent une diminution importante de la production de spermatozoïdes matures\, associée à des défauts de spermatogenèse. L’analyse de la spermatogenèse met notamment en évidence des altérations de la différentiation et de l’individualisation des spermatides\, révélant un rôle spécifique de l’activité enzymatique de USP36 dans le développement des cellules germinales mâles. Des analyses complémentaires suggèrent une implication de USP36 au niveau de structures nucléaires spécifiques des spermatocytes appelés Y-loops\, avec un impact sur la transcription des gènes portés par le chromosome Y.\n​ Au final\, ces travaux montrent que la présence de la protéine USP36\, même dépourvue d’activité catalytique\, est suffisante pour assurer certaines fonctions essentielles à la croissance et à la prolifération cellulaire\, et que son activité de déubiquitination est spécifiquement requise pour la spermatogenèse. Cette étude révèle ainsi une dissociation fonctionnelle entre les activités catalytiques et non catalytiques de USP36 in vivo et souligne l’importance de prendre en compte et de distinguer ces différentes lors de l’étude des déubiquitinases dans leur contexte physiologique ou pathologique. ​​​​
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LOCATION:Faculté de Médecine-Pharmacie – salle des soutenances\, Grenoble\, 38000\, France
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SUMMARY:Soutenance de Thèse par Marie PERRIER (CEA-Irig/BGE)
DESCRIPTION:Etude de l’impact de l’inhibition pharmacologique de l’activité enzymatique de la déubiquitinase UCH-L1 sur la signalisation calcique\, les canaux ioniques et le protéome des neurones corticaux de souris\nRésumé : \nL’ubiquitination est une modification post-traductionnelle qui vise à la liaison covalente de l’ubiquitine sur des protéines cibles. Ce mécanisme contrôle la destinée des protéines\, via leur dégradation par le protéasome ou les lysosomes\, et régule de nombreux processus biologiques comme l’endocytose\, la localisation subcellulaire ou l’activité des protéines ubiquitinées. Elle est réversible grâce à des protéases appelées déubiquitinases (DUBs) dont UCH-L1\, qui est prédominante dans le cerveau. Cette enzyme a été associée à plusieurs maladies neurodégénératives mais ses fonctions biologiques et ses substrats restent encore partiellement caractérisés. Afin d’approfondir la compréhension de ses rôles cellulaires\, nous avons utilisé deux inhibiteurs pharmacologiques sélectifs de UCH-L1 : l’IMP1710 et le GK13S.\nDes expériences d’imagerie calcique Fura-2 montrent que l’inhibition de UCH-L1 réduit l’influx de calcium (Ca2+) à travers les canaux calciques dépendants du voltage (VGCCs) dans des neurones corticaux d’embryons de souris\, principalement via les canaux sensibles aux dihydropyridines (VGCCs de type L). Ces inhibiteurs réduisent également la quantité totale de protéines Cav1.2 dans les neurones mais pas dans les lignées cellulaires cancéreuses. Des expériences de biotinylation de surface ont montré une réduction de la quantité de protéines Cav1.2 à la membrane plasmique. De plus\, l’inhibition de UCH-L1 diminue la taille des réserves de Ca2+ mobilisables du réticulum endoplasmique et des lysosomes\, ainsi que l’entrée capacitative de Ca2+ (store-operated Ca²⁺ entry). Nous avons ensuite établi que l’inhibition de UCH-L1 réduit d’autres flux ioniques dont ceux à travers les récepteurs NMDA et les canaux TRPC6 et TRPM7.\nEn parallèle\, une double approche protéomique quantitative par spectrométrie de masse (marquage isobare et sans marquage) a été réalisée afin de caractériser les potentiels substrats de UCH-L1. Cette stratégie a permis d’identifier sept protéines communes aux deux techniques dont l’abondance diminue fortement suite à l’inhibition de UCH-L1. Parmi celles-ci figure USP11\, une DUB connue pour son implication dans le développement du cortex cérébral. Ce résultat a été confirmé par western blot dans les neurones\, sans effet équivalent dans les cellules cancéreuses.\nEn conclusion\, cette étude met en avant le rôle de UCH-L1\, l’une des principales DUBs cérébrales\, dans la régulation du transport ionique à travers la membrane plasmique des neurones et identifie USP11 comme l’un de ses substrats potentiels. Ces travaux apportent des connaissances nouvelles sur les fonctions cellulaires de UCH-L1 et contribuent à approfondir notre compréhension de son rôle dans le cerveau . ​​​​
URL:https://sfp-alpes.fr/event/soutenance-de-these-par-marie-perrier-cea-irig-bge/
LOCATION:Maison Jean Kuntzmann – amphithéâtre\, 110\, rue de la Chimie\, Saint-Martin-d'Hères\, 38400\, France
CATEGORIES:Soutenance,Soutenance de Thèse
ORGANIZER;CN="IRIG - CEA":MAILTO:irig.communication@cea.fr
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